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- Original title:
- Quantification of Cryptosporidium parvum and enteroviruses by quantitative Real-Time PCR (qPCR) in environmental samples - Methodological developments for monitoring anaerobic systems
- Translated title:
- Quantifizierung von Cryptosporidium parvum und Enteroviren durch quantitative Real-Time PCR (qPCR) in Umweltproben - Methodische Entwicklungen zur Überwachung in anaeroben Systemen
- Author:
- Garcés Sanchez, Gabriela
- Year:
- 2013
- Document type:
- Dissertation
- Faculty/School:
- Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan
- Advisor:
- Munch, Jean Charles (Prof. Dr.)
- Referee:
- Munch, Jean Charles (Prof. Dr.); Horn, Harald (Prof. Dr.)
- Language:
- en
- Subject group:
- BIO Biowissenschaften; UMW Umweltschutz und Gesundheitsingenieurwesen
- Keywords:
- manure, hygiene, environmental samples, enteroviruses, Cryptosporidium, DNA, hsp70 mRNA, real-time qPCR, viability
- Translated keywords:
- Gülle, Hygiene, Umweltproben, Enteroviren, Cryptosporidium, DNA, hsp70 mRNA, real-time qPCR, Vitalität
- TUM classification:
- BIO 300d; BIO 802d; MED 403d; UMW 151d; UMW 340d; UMW 450d; UMW 500d; LAN 120d
- Abstract:
- Manure and wastewater can be sources of contamination of water, soil and crops with pathogenic microorganisms. Two relevant groups of pathogens are cryptosporidia and enteroviruses. This study deals with the development and application of real-time quantitative PCR and RT-qPCR for the quantification of these pathogens in environmental samples. A DNA based qPCR method was developed and optimized for the quantification of Cryptosporidium parvum oocysts. For the detection of viable oocysts, methods based on RNA / mRNA extraction and RT-qPCR targeting the hsp70 mRNA molecule were developed and evaluated. The induction of hsp70 mRNA production after a heat shock can indicate the vitality of oocysts. The developed methods were applied to assess the inactivation of C. parvum oocysts during the anaerobic treatment of manure. Enteroviruses in manure and wastewater could be quantified using an optimized RT-qPCR based approach.
- Translated abstract:
- Gülle und Abwasser können Quellen der Kontamination von Wasser, Böden und Pflanzen mit pathogenen Organismen sein. Zwei relevante Gruppen solcher Krankheitserreger sind Kryptosporidien und Enteroviren. Diese Studie beschäftigt sich mit der Entwicklung und Anwendung von auf Real-Time-qPCR und RT-qPCR basierten Methoden zur Quantifizierung dieser Erreger in Umweltproben. Es wurde eine DNA-basierte qPCR-Methode zur Quantifizierung von Cryptosporidium parvum-Oozysten entwickelt und optimiert. Zum Nachweis von lebensfähigen Oozysten wurden Methoden für RNA/mRNA-Extraktion und RT-qPCR mit hsp70-mRNA als Zielmolekül entwickelt und evaluiert, wobei die hsp70-mRNA-Produktion durch Hitzeschock induziert wurde. Die Inaktivierung von C. parvum während der anaeroben Behandlung von Gülle wurde mittels der entwickelten Methoden untersucht. Enteroviren in Gülle und Abwasser konnten mittels optimierter RNA basierter RT-qPCR quantifiziert werden.
- WWW:
- https://mediatum.ub.tum.de/?id=1115672
- Date of submission:
- 15.10.2012
- Oral examination:
- 09.07.2013
- File size:
- 4816401 bytes
- Pages:
- 197
- Urn (citeable URL):
- https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20130709-1115672-0-0
- Last change:
- 09.10.2015
BibTeX