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Original title:
Algorithms and Computer Architectures for Evolutionary Bioinformatics 
Translated title:
Algorithmen und Computerarchitekturen in der evolutionären Bioinformatik 
Year:
2012 
Document type:
Dissertation 
Institution:
Fakultät für Informatik 
Advisor:
Stamatakis, Alexandros (Prof. Dr.) 
Referee:
Stamatakis, Alexandros (Prof. Dr.); Bode, Arndt (Prof. Dr.),Dollas, Apostolos (Prof. Dr.) 
Language:
en 
Subject group:
DAT Datenverarbeitung, Informatik 
Controlled terms:
Bioinformatik; Phylogenie 
TUM classification:
BIO 110d 
Abstract:
Many algorithms in the field of evolutionary Bioinformatics have excessive computational requirements. This dissertation presents new reconfigurable architectures to accelerate parsimony- and likelihood-based phylogenetic tree reconstruction, as well as effective techniques to speed up the execution of a phylogeny-aware alignment kernel on general-purpose graphics processing units. It also introduces a novel technique to conduct efficient phylogenetic tree searches on alignments with missing dat...    »
 
Translated abstract:
Viele Algorithmen in der evolutionären Bioinformatik sind äußerst rechenintensiv. Diese Dissertation führt zum einen neue FPGA Architekturen ein, die die Parsimony- und Likelihood-basierte Berechnung von evolutionären Stammbäumen beschleunigen. Zum anderen werden effektive Methoden vorgestellt, die die benötigte Rechenzeit eines Phylogenie-berücksichtigenden Alignment-Kernel auf Allzweck-GPU verringern. Des Weiteren wird eine neue Technik eingeführt, Stammbaumsuchen auf Alignments...    »
 
Oral examination:
21.11.2012 
File size:
2345836 bytes 
Pages:
179 
Last change:
29.11.2013