The thesis is mainly based on the development of new assays and technology in two major parts of mass spectrometry based shotgun proteomics: Comprehensive whole proteome analysis and protein-protein interaction analysis. The integration of OFFGEL isoelectric focusing of peptides as a separation technique into the workflow contributed to the comprehensive proteomic quantification of yeast, an achievement that was named one of the 10 breakthroughs of the year 2008 by the journal Science. In addition, I developed SILAC labeling for mouse embryonic stem cells and quantified their proteome to a depth of 5,111 proteins. The major part of this thesis deals with mapping (dynamic) protein-protein interactions using a combination of BAC TransgeneOmics and quantitative affinity purification – mass spectrometry (QUantitative BAC InteraCtomics (QUBIC)). This technology is also the basis for the human interaction proteome project (HIPP).     «

The thesis is mainly based on the development of new assays and technology in two major parts of mass spectrometry based shotgun proteomics: Comprehensive whole proteome analysis and protein-protein interaction analysis. The integration of OFFGEL isoelectric focusing of peptides as a separation technique into the workflow contributed to the comprehensive proteomic quantification of yeast, an achievement that was named one of the 10 breakthroughs of the year 2008 by the journal Science. In additi...     »

Diese Arbeit basiert hauptsächlich auf der Entwicklung neuer Technologien in zwei Teilbereichen der auf Massenspektrometrie basierenden Proteomik: Die umfassende Analyse ganzer Proteome und die Identifikation von Protein-Protein-Interaktionen. Die Integration von OFFGEL isoelektrischer Fokusierung als Separierungsmethode von komplexen Peptidmixturen in den proteomischen Arbeitsablauf trug zur ersten umfassenden Quantifizierung des Hefeproteoms bei. Zusätzlich wird die Entwicklung von SILAC labeling für embryonale Stammzellen aus Maus sowie die umfassende Quantifizierung deren Proteom beschrieben. Der Hauptteil dieser Arbeit beschäftigt sich mit der Identifizierung von Protein-Protein Interaktionen mittels BAC TransgenOmics und quantitative Massenspektrometrie nach Aufreinigung von Proteinkomplexen (QUantitative BAC InteraCtomics (QUBIC)). Sie ist auch die Grundlage für unser humanes Proteom-Interaktions Projekt (HIPP).     «

Diese Arbeit basiert hauptsächlich auf der Entwicklung neuer Technologien in zwei Teilbereichen der auf Massenspektrometrie basierenden Proteomik: Die umfassende Analyse ganzer Proteome und die Identifikation von Protein-Protein-Interaktionen. Die Integration von OFFGEL isoelektrischer Fokusierung als Separierungsmethode von komplexen Peptidmixturen in den proteomischen Arbeitsablauf trug zur ersten umfassenden Quantifizierung des Hefeproteoms bei. Zusätzlich wird die Entwicklung von SILAC label...     »