Vergleichende Genomanalyse von Listeria-Bakteriophagen
Author:
Dorscht, Julia
Year:
2007
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan
Advisor:
Loessner, Martin J. (Prof. Dr.)
Referee:
Scherer, Siegfried (Prof. Dr.); Loessner, Martin J. (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften
Keywords:
Listeria bacteriophages, genome
Translated keywords:
Listeria-Bakteriophagen, Genom
Abstract:
The dsDNA of Listeria bacteriophages A006, A500, A511, B025, B054, and P35 were sequenced and analysed regarding G+C content, open reading frames, tRNA genes and sequence identities on nucleotide and protein level. Additionally, bacterial integration sites for the temperate phages were identified. Genes are arranged into functional, life-cycle specific modules. The mosaic nature of the genomes supports the modular evolution theory and provides insight into the phylogenetic relationship among the Listeria phages. Analysis of the structural proteins via peptide mass fingerprinting allowed a correlation between predicted gene products and protein bands from the profiles (SDS-Page) and indicated translational frameshifts during synthesis of the major capsid and major tail proteins in some phages.
Translated abstract:
Die dsDNA-Genome der Listeria-Bakteriophagen A006, A500, A511, B025, B054 und P35 wurden sequenziert und hinsichtlich ihres G+C Gehalts, Offener Leseraster und tRNA-Genen, sowie Ähnlichkeiten auf Protein- und Nukleotidebene analysiert. Für die temperenten Phagen wurde zudem die Integrationsstelle im Wirtsgenom bestimmt. Es zeigte sich eine Anordnung der Gene in funktionellen Clustern, die bei temperenten Phagen den verschiedenen Stadien des Vermehrungszyklus entsprechen. Mosaikartig verteilte Ähnlichkeiten der Genome unterstützen die Theorie der modularen Phagenevolution und geben Einblick in die phylogentische Verwandtschaft der Listeria-Phagen. Über die Analyse der Strukturproteine mittels Massenspektrometrie gelang die Zuordnung bioinformatisch vorhergesagter Peptide zu Banden der Proteinprofile (SDS-Page). Zudem lieferte sie weitere Hinweise auf translationale Leserasterverschiebung bei der Synthese des Hauptkapsid- sowie Schwanzproteins einiger Phagen.
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