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Original title:
Discovering candidate regulatory networks in epigenomics and transcriptomics
Translated title:
Entdeckung von regulatorischen Netzwerken in der Epigenomik und Transkriptomik
Author:
Hoffmann, Markus Daniel
Year:
2023
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
TUM School of Life Sciences
Institution:
Lehrstuhl für Experimentelle Bioinformatik (Prof. Küster komm.)
Advisor:
Hennighausen, Lothar (Ph.D.)
Referee:
Hennighausen, Lothar (Ph.D.); Baumbach, Jan (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften
Keywords:
gene regulatory networks, epigenomics, transcriptomics, computation
Translated keywords:
Genregulatorische Netze, Epigenomik, Transkriptomik, Computation
TUM classification:
BIO 110
Abstract:
The thesis introduces the pipelines TF-Prioritizer and circRNA-sponging for epigenomic and transcriptomic analysis. TF-Prioritizer streamlines the examination of transcription factors, cutting down on laborious ChIP-seq experiments, and has been validated in mammary gland research. circRNA-sponging automates the study of circular RNAs and their interactions with miRNAs, revealing differentially expressed circRNAs in mouse brain. These tools simplify regulatory studies, making gene regulation res...     »
Translated abstract:
In dieser Arbeit werden die Pipelines TF-Prioritizer und circRNA-sponging für epigenomische und transkriptomische Analysen vorgestellt. TF-Prioritizer rationalisiert die Untersuchung von Transkriptionsfaktoren und reduziert die aufwändigen ChIP-seq-Experimente. circRNA-sponging automatisiert die Untersuchung von zirkulären RNAs und deren Interaktionen mit miRNAs und deckt unterschiedlich exprimierte circRNAs im Gehirn von Mäusen auf. Diese Werkzeuge vereinfachen regulatorische Studien und machen...     »
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1720381
Date of submission:
18.09.2023
Oral examination:
27.11.2023
File size:
13697114 bytes
Pages:
122
Urn (citeable URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20231127-1720381-1-8
Last change:
23.01.2024
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