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Original title:
Ultrafast and sensitive sequence search and clustering methods in the era of next generation sequencing 
Translated title:
Ultraschnelle und sensitive Sequenzsuch- und Clusteringmethoden im Zeitalter der Sequenzierverfahren der nächsten Generation 
Year:
2018 
Document type:
Dissertation 
Institution:
Fakultät für Informatik 
Advisor:
Rost, Burkhard (Prof. Dr.) 
Referee:
Rost, Burkhard (Prof. Dr.); Täubig, Hanjo (Priv.-Doz. Dr.) 
Language:
en 
Subject group:
BIO Biowissenschaften; DAT Datenverarbeitung, Informatik 
TUM classification:
BIO 110d 
Abstract:
Environmental metagenomic studies are a rich source for genetic diversity. Terabytes of short read sequencing data are publicly available and the growth rate has increased steadily, with the rate of exponential decrease in costs and increase in throughput outperforming Moore's law two-fold in the last decade. Now, not the creation of the data but their analysis is the main time and cost bottleneck. Crucial for sequence data analysis are the sequence clustering and homology search steps for the f...    »
 
Translated abstract:
Metagenomische studien sind eine reiche Quelle für genetische Vielfalt. Terabyte von Sequenzierungsdaten sind öffentlich verfügbar und wachsen stetig. Dies kommt von der exponentiellen Abnahme der Kosten und der Erhöhung des Durchsatzes von Sequenzierern. Die technische Entwicklung der Sequenzierung hat das Mooresche Gesetz in den letzten zehn Jahren um ein Zweifaches übertroffen. Aktuell ist nicht mehr die Erzeugung, sondern die Datenanalyse der größte Zeit- und Kostenfaktor. Entscheidend für d...    »
 
Oral examination:
23.08.2018 
File size:
20691734 bytes 
Pages:
166 
Last change:
17.09.2018