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Original title:
Modeling of Protein Assemblies Through Global Docking and Accelerated Molecular Dynamics Simulation
Translated title:
Modellierung von Proteinverbänden durch globales Andocken und beschleunigte Molekulardynamiksimulation
Author:
Pourjafar-Dehkordi, Danial
Year:
2022
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät für Physik
Advisor:
Zacharias, Martin (Prof. Dr.)
Referee:
Zacharias, Martin (Prof. Dr.); Alim, Karen (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
PHY Physik
TUM classification:
PHY 820
Abstract:
Understanding the structure of protein assemblies plays a pivotal role in discovering their function. The focus of this work is on the application of MD simulations in the structural analysis of protein assemblies. A self-learning accelerated-sampling scheme that specifically compensates for low free-energy conformations is introduced and utilized to explore conformational changes in bacterial Argonaute protein in the absence of substrate and upon binding to guide and target DNA strands.
Translated abstract:
Das Verständnis der Struktur von Proteinverbänden spielt eine entscheidende Rolle bei der Entdeckung ihrer Funktion. Der Schwerpunkt dieser Arbeit liegt auf der Anwendung von MD-Simulationen für die Strukturanalyse von Proteinverbänden. Ein selbstlernendes, beschleunigtes Abtastverfahren, das speziell Konformationen mit niedriger freier Energie kompensiert, wird eingeführt und verwendet, um Konformationsänderungen des bakteriellen Argonaute-Proteins in Abwesenheit von Substrat und nach Bindung a...     »
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1624504
Date of submission:
17.09.2021
Oral examination:
07.02.2022
File size:
4049168 bytes
Pages:
94
Urn (citeable URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20220207-1624504-1-1
Last change:
28.02.2022
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