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- Original title:
- Advancing computational methods for spatial transcriptomics and transcriptomic profiling of the skull bone marrow niche
- Translated title:
- Weiterentwicklung computergestützter Methoden für die räumliche Transkriptomik und transkriptomische Charakterisierung des Schädelknochenmarks
- Author:
- Kümmerle, Louis B.
- Year:
- 2026
- Document type:
- Dissertation
- Faculty/School:
- TUM School of Life Sciences
- Advisor:
- Theis, Fabian (Prof. Dr. Dr.)
- Referee:
- Theis, Fabian (Prof. Dr. Dr.); Ertürk, Ali (Prof. Dr.); Grün, Dominic (Prof. Dr.)
- Language:
- en
- Subject group:
- BIO Biowissenschaften
- Keywords:
- spatial transcriptomics; single cell transcriptomics; machine learning; feature selection; segmentation; skull; bone marrow
- Translated keywords:
- räumliche Transkriptomik; Einzelzell-Transkriptomik; maschinelles Lernen; Merkmalsselektion; Segmentierung; Schädel; Knochenmark
- Abstract:
- The work in this cumulative thesis improves imaging-based spatial transcriptomics utility through a novel computational method for probe set selection and a benchmark of cell segmentation strategies. It further characterizes the skull bone marrow at single-cell resolution, uncovering its unique molecular features and role in neuroimmune processes.
- Translated abstract:
- Die Arbeit dieser kumulativen Dissertation verbessert die Nutzbarkeit bildbasierter räumlicher Transkriptomik durch eine neue computergestützte Methode zur Auswahl von Probensets sowie durch einen Benchmark von Zellsegmentierungsstrategien. Zudem charakterisiert sie das Schädelknochenmark auf Einzelzellniveau und zeigt dessen einzigartige molekulare Eigenschaften und Rolle in neuroimmunen Prozessen.
- WWW:
- https://mediatum.ub.tum.de/?id=1838277
- Date of submission:
- 17.12.2025
- Oral examination:
- 15.06.2026
- File size:
- 13248851 bytes
- Pages:
- 64
- Urn (citeable URL):
- https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:bvb:91-diss-20260615-1838277-0-4
- Published:
- 03.08.2026
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