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- Original title:
- Prediction of residue contacts and interaction sites in transmembrane proteins using deep learning
- Translated title:
- Vorhersage von Restkontakten und Interaktionsstellen in Transmembranproteinen mittels Deep Learning
- Author:
- Sun, Jianfeng
- Year:
- 2021
- Document type:
- Dissertation
- Faculty/School:
- Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan
- Advisor:
- Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.)
- Referee:
- Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.); Burkhard Rost (Prof. Dr.)
- Language:
- en
- Subject group:
- BIO Biowissenschaften
- Keywords:
- Protein Structure Prediction, Protein Interaction, Molecular Evolution, Molecular Modeling, Deep Learning
- Translated keywords:
- Vorhersage der Proteinstruktur, Proteininteraktion, Molekulare Evolution, Molekulare Modellierung, Deep Learning
- TUM classification:
- BIO 110
- Abstract:
- We have built on deep residual neural networks and coevolutionary features to develop two novel deep-learning-based systems, DeepHelicon and DeepTMInter, for sequence-based prediction of residue contacts and interaction sites in TM proteins, respectively. Both systems have undergone systematic supervised-learning processes followed by performance refinement on the currently largest datasets of TM proteins at the <22% and <25% sequence identity levels, respectively.
- Translated abstract:
- Wir haben auf tiefe verbleibende neuronale Netzwerke und koevolutionären Merkmalen aufgebaut, um zwei neuartige Deep-Learning-basierte Systeme zu entwickeln, DeepHelicon und DeepTMInter, für die sequenzbasierte Vorhersage von Rückstandskontakten bzw. Interaktionsstellen in TM-Proteinen. Beide Systeme wurden systematisch überwachten Lernprozessen unterzogen, gefolgt von einer Leistungsverfeinerung der derzeit größten Datensätze von TM-Proteinen auf den <22 % bzw. <25 %-Sequenzidentitätsniveaus.
- WWW:
- https://mediatum.ub.tum.de/?id=1577512
- Date of submission:
- 12.11.2020
- Oral examination:
- 18.02.2021
- File size:
- 5431954 bytes
- Pages:
- 140
- Urn (citeable URL):
- https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20210218-1577512-1-5
- Last change:
- 09.04.2021
BibTeX