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Original title:
Scalable longitudinal statistical models for genomics data
Translated title:
Skalierbare statistische Modelle zur Analyse logitudinaler Genom-Daten
Author:
Stricker, Georg
Year:
2018
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät für Informatik
Advisor:
Gagneur, Julien (Prof. Dr.)
Referee:
Gagneur, Julien (Prof. Dr.); Huckle, Thomas (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften
TUM classification:
BIO 110d
Abstract:
This thesis establishes statistical models for long longitudinal data coming from genome-wide sequencing-based experiments. It is shown how generalized additive models can be effectively applied to model chromatin immunoprecipitation followed by sequencing data and how these models allow improved differential analysis and principled peak calling. Effective algorithms to fit these models to complete genomes combining approximated parallelization schemes and sparse matrix techniques are provided.
Translated abstract:
In der Thesis werden statistische Modelle für longitudinale Daten von genomweiten Sequenzierungsexperimenten entwickelt. Es wird gezeigt wie Generalisierte Additive Modelle effektiv angewandt werden können, um Daten aus Experimenten der Chromatin-Immunpräzipitation mit anschließender DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz zu modellieren. Diese Modelle ermöglichen Verbesserungen in der Differential Analysis und dem Peak Calling. Effiziente Algorithmen zur Schätzung dieser Modelle auf dem gesamten Gen...     »
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1443798
Date of submission:
25.06.2018
Oral examination:
29.11.2018
File size:
19036171 bytes
Pages:
115
Urn (citeable URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20181129-1443798-1-6
Last change:
21.12.2018
 BibTeX