A bottleneck for the production of recombinant proteins in Escherichia coli is often the limited in vivo solubility. Refolding of the target protein becomes necessary and complicates downstream processing. Individual refolding conditions have to be determined empirically with a large experimental effort. Thus, a novel stochastic optimization strategy was developed on the basis of database information. This strategy allows an optimization of protein refolding conditions with a minimum number of experiments. The suitability of this new approach was demonstrated with 6 different proteins achieving an up to 30-fold increase of refolded activities compared to literature. In addition, it was shown that bagged decision trees were able to model the refolding conditions provided that the dataset of the optimization was large enough.     «

A bottleneck for the production of recombinant proteins in Escherichia coli is often the limited in vivo solubility. Refolding of the target protein becomes necessary and complicates downstream processing. Individual refolding conditions have to be determined empirically with a large experimental effort. Thus, a novel stochastic optimization strategy was developed on the basis of database information. This strategy allows an optimization of protein refolding conditions with a minimum number of e...     »

Ein Problem bei der Herstellung von rekombinanten Proteinen in Escherichia coli ist oftmals deren begrenzte Löslichkeit in der Zelle. Dies macht eine Rückfaltung der Proteine bei der Aufarbeitung erforderlich. Individuelle Rückfaltungsbedingungen müssen hierzu aufwendig empirisch ermittelt werden. Daher wurde auf der Basis von Datenbankinformationen eine stochastische Versuchsplanungsstrategie erarbeitet, die eine Optimierung von Rückfaltungsbedingungen mit einem Minimum an Experimenten ermöglicht. Diese neue Optimierungsstrategie wurde erfolgreich für 6 unterschiedliche Proteine angewendet. Im Vergleich zur Literatur konnte hierbei eine bis zu 30-fache Verbesserung der Rückfaltungsaktivität erreicht werden. Darüber hinaus konnte gezeigt werden, dass eine Modellierung von Rückfaltungsbedingungen mit Hilfe von „bagged decision tree“ Ansätzen möglich ist, wenn genügend Datensätze aus der Optimierung zur Verfügung stehen.      «

Ein Problem bei der Herstellung von rekombinanten Proteinen in Escherichia coli ist oftmals deren begrenzte Löslichkeit in der Zelle. Dies macht eine Rückfaltung der Proteine bei der Aufarbeitung erforderlich. Individuelle Rückfaltungsbedingungen müssen hierzu aufwendig empirisch ermittelt werden. Daher wurde auf der Basis von Datenbankinformationen eine stochastische Versuchsplanungsstrategie erarbeitet, die eine Optimierung von Rückfaltungsbedingungen mit einem Minimum an Experimenten ermöglic...     »