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Original title:
Transmembrane protein contacts and signal peptide evolution 
Translated title:
Kontakte in Transmembranproteinen und Evolution von Signalsequenzen 
Year:
2019 
Document type:
Dissertation 
Institution:
Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan 
Advisor:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.) 
Referee:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.); Rost, Burkhard (Prof. Dr.) 
Language:
en 
Subject group:
BIO Biowissenschaften 
TUM classification:
BIO 110d 
Abstract:
We developed a new method to predict transmembrane protein residue contacts combining co-evolution analysis with a machine learning approach. Using these contacts, we were able to separate signal peptides from N-terminal transmembrane domains. A further investigation focused on the secretion of orthologous proteins revealed numerous evolutionary signal peptide gain and loss events which are correlated with a lifestyle change. Additional insights were gained about the mechanism of their appearanc...    »
 
Translated abstract:
Wir haben eine neue Methode zur Vorhersage von Aminosäurekontakten in Transmembranproteinen entwickelt, welche Koevolutionsanalyse mit maschinellem Lernen verbindet. Mit Hilfe dieser Kontakte war es uns möglich Signalsequenzen von N-terminalen Transmembrandomänen zu unterscheiden. Differenzierte Analysen des Exportverhaltens orthologer Proteine offenbarten zahlreiche Zugewinne und Verluste von Signalsequenzen. Diese evolutionären Veränderungen stehen in Zusammenhang mit dem Lebensstil der unters...    »
 
Oral examination:
25.02.2019 
File size:
34314137 bytes 
Pages:
111 
Last change:
20.03.2019