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Original title:
Transmembrane protein contacts and signal peptide evolution
Translated title:
Kontakte in Transmembranproteinen und Evolution von Signalsequenzen
Author:
Hönigschmid, Peter
Year:
2019
Document type:
Dissertation
Institution:
Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan
Advisor:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.)
Referee:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.); Rost, Burkhard (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften
TUM classification:
BIO 110d
Abstract:
We developed a new method to predict transmembrane protein residue contacts combining co-evolution analysis with a machine learning approach. Using these contacts, we were able to separate signal peptides from N-terminal transmembrane domains. A further investigation focused on the secretion of orthologous proteins revealed numerous evolutionary signal peptide gain and loss events which are correlated with a lifestyle change. Additional insights were gained about the mechanism of their appearanc... »
Translated abstract:
Wir haben eine neue Methode zur Vorhersage von Aminosäurekontakten in Transmembranproteinen entwickelt, welche Koevolutionsanalyse mit maschinellem Lernen verbindet. Mit Hilfe dieser Kontakte war es uns möglich Signalsequenzen von N-terminalen Transmembrandomänen zu unterscheiden. Differenzierte Analysen des Exportverhaltens orthologer Proteine offenbarten zahlreiche Zugewinne und Verluste von Signalsequenzen. Diese evolutionären Veränderungen stehen in Zusammenhang mit dem Lebensstil der unters... »
Date of submission:
06.09.2018
Oral examination:
25.02.2019
File size:
34314137 bytes
Pages:
111
Last change:
20.03.2019
BibTeX