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Original title:
Geometric Diffusions for Reconstruction of Cell Differentiation Dynamics 
Translated title:
Rekonstruktion von Zelldifferenzierungsdynamiken mittels Geometrischer Diffusion 
Year:
2016 
Document type:
Dissertation 
Institution:
Fakultät für Mathematik 
Advisor:
Theis, Fabian J. (Prof. Dr. Dr.) 
Referee:
Theis, Fabian J. (Prof. Dr. Dr.); Fornasier, Massimo (Prof. Dr.); Maggioni, Mauro (Prof. Dr.) 
Language:
en 
Subject group:
MAT Mathematik 
Keywords:
Diffusion maps, Single-cell, differentiation, clustering, pseudotime 
TUM classification:
BIO 110d; MAT 022d 
Abstract:
The temporal order of differentiating cells is intrinsically encoded in their single-cell expression profiles. In this dissertation an adaptation of geometric diffusions is proposed to robustly estimate this order. The developed method makes it possible to reconstruct the developmental progression of cells and identify transient or metastable states, branching decisions and differentiation endpoints. 
Translated abstract:
Die zeitliche Anordnung von sich teilenden Zellen ist intrinsisch in ihren Einzelzell-Expressionsprofilen kodiert. In dieser Dissertation wird eine Erweiterung von Geometrischer Diffusion zur robusten Schätzung dieser Ordnung vorgeschlagen. Die entwickelte Methode ermöglicht die Rekonstruktion des Entwicklungsstadiums der Zellen, sowie die Identifikation von metastabilen Zuständen, Verzweigungen und Endpunkten des Entwicklungsprozesses. 
Oral examination:
15.12.2016 
File size:
26310746 bytes 
Pages:
138 
Last change:
15.12.2017